정자’(亭子)라는 동 이름은 이 지역에 영화정 정자가 있기 때문에 붙여졌다. 

1914년 4월 1일 일제에 의한 명칭 및 행정구역 변경 때 진목동, 천천동을 ‘천천리’라 하여 일형면 관할이 되었다. 
1936년 10월 1일 일형면과 의왕면이 일왕면으로 통합되면서 일왕면 정자리가 되었다. 

파장리, 이목리, 율전리, 천천리 등과 함께 행정동인 파정동 관할이였다가 파정동이 파장동과 정자동으로 분리

1990년 1월 1일 수원시 조례 제1607호에 의하여, 정자1동과 정자2동으로 분리

1997년 12월 31일 정자지구내 아파트가 들어서면서 인구가 급증하여 2003년 2월 10일 자로 정자1동과 정자3동이 분리되었다.

수원정자애누리시장은 정자동에 위치하여 정자시장이라고 붙여졌고 애누리는 "사랑愛"와 "나누다"의 합성어로 사랑을 나누고 고객과 소통한다는 의미이다.